docs: add CLI command reference and update key docs to use bin/console

New docs/reference-cli-commands.md covers all commands, bootstrap helpers,
and how to add new commands. Updated lokale-entwicklung, entwickler-checkliste,
betriebscheck-doctor, index, and web/index.php error message to reference
bin/console instead of legacy bin/*.php scripts.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>

docs/howto-betriebscheck-doctor.md

@@ -1,10 +1,10 @@
-# Betriebscheck mit `bin/doctor.php`
+# Betriebscheck mit `doctor`
 
-Letzte Aktualisierung: 2026-03-06
+Letzte Aktualisierung: 2026-03-19
 
 ## Ziel
 
-`bin/doctor.php` ist der schnelle Gesundheitscheck fuer eine Instanz.
+`php bin/console doctor` ist der schnelle Gesundheitscheck fuer eine Instanz.
 
 Er prueft unter anderem:
 
@@ -21,13 +21,13 @@ Er prueft unter anderem:
 Lokal (wenn PHP + DB direkt erreichbar sind):
 
 ```bash
-php bin/doctor.php
+php bin/console doctor
 ```
 
 Im Docker-Setup:
 
 ```bash
-docker compose exec php sh -lc "php bin/doctor.php"
+docker compose exec php php bin/console doctor
 ```
 
 ## Exit-Code

docs/howto-lokale-entwicklung.md

@@ -26,13 +26,15 @@ docker compose restart php nginx
 Nach Aenderungen an Modulen, Manifesten oder `APP_ENABLED_MODULES`:
 
 ```bash
-docker compose exec php php bin/module-runtime-sync.php
+docker compose exec php php bin/console module:sync
 ```
 
 Dieser Befehl fuehrt automatisch aus: `migrate` → `permissions-sync` → `build` → `assets-sync`.
 
 Falls `web/index.php` den Fehler "Module runtime is stale" wirft, ist der Sync noetig.
 
+Alle verfuegbaren CLI-Kommandos: `php bin/console list` (siehe `/docs/reference-cli-commands.md`).
+
 ## Schema-Stand
 
 - Basis-Schema + Seeds: `db/init/init.sql`
@@ -57,7 +59,7 @@ docker compose exec php vendor/bin/phpstan analyse -c phpstan.neon --no-progress
 Bei Modul-/Manifest-Aenderungen zusaetzlich:
 
 ```bash
-docker compose exec php php bin/module-runtime-sync.php
+docker compose exec php php bin/console module:sync
 ```
 
 Bei JS-Änderungen zusätzlich Browser-Smoke mit DevTools-Console (keine JS-Errors).

docs/index.md

@@ -50,7 +50,7 @@ Diese Dokumentation ist nach dem Diataxis-Modell in vier Quadranten gegliedert:
 - `/docs/howto-docker-produktiv.md`
   - Produktivbetrieb mit Docker.
 - `/docs/howto-betriebscheck-doctor.md`
-  - Schneller Systemcheck mit `bin/doctor.php`.
+  - Schneller Systemcheck mit `php bin/console doctor`.
 - `/docs/howto-fehlerbehebung.md`
   - Haeufige Fehler und schnelle Loesungen.
 - `/docs/howto-lokale-entwicklung.md`
@@ -97,11 +97,8 @@ Diese Dokumentation ist nach dem Diataxis-Modell in vier Quadranten gegliedert:
   - Standard-Prompts fuer Skill-basierte Planung und Implementierung.
 - `/docs/reference-extension-readiness.md`
   - Freigabe-Checkliste fuer weitere Module auf Basis des bestehenden Modul-Contracts.
+- `/docs/reference-cli-commands.md`
+  - Alle CLI-Kommandos (`php bin/console`), Bootstrap-Helfer, Anleitung neue Kommandos.
 - `/docs/reference-module-manifest-contract.md`
   - Verbindlicher Runtime- und Manifest-Contract fuer Module (V1.1).
-- `/docs/reference-agents-overview.md`
-  - Einstieg in das Rollenmodell und die Artefakte.
-- `/docs/reference-agents-roles.md`
-  - Klare Verantwortung je Rolle (Planner, Executor, Reviewer, Finalizer).
-- `/docs/reference-agents-flow.md`
-  - State-Flow mit Fail-Loop zur Executor-Iteration.
+- Agent-Workflow (Rollen, State-Machine, Contracts): siehe `/.agents/workflow.md`

docs/reference-cli-commands.md

@@ -0,0 +1,147 @@
+# CLI-Kommandoreferenz
+
+Letzte Aktualisierung: 2026-03-19
+
+## Einstiegspunkt
+
+Alle CLI-Kommandos laufen ueber einen einzigen Einstiegspunkt:
+
+```bash
+php bin/console <command> [argumente] [optionen]
+```
+
+Uebersicht aller verfuegbaren Kommandos:
+
+```bash
+php bin/console list
+```
+
+Hilfe zu einem einzelnen Kommando:
+
+```bash
+php bin/console <command> --help
+```
+
+## Kommandos
+
+### module:sync
+
+Fuehrt den vollstaendigen Modul-Runtime-Sync aus: `migrate` → `permissions-sync` → `build` → `assets-sync`.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:sync
+```
+
+Noetig nach jeder Aenderung an Modulen, Manifesten, Routen oder `APP_ENABLED_MODULES`.
+
+Falls `web/index.php` den Fehler "Module runtime is stale" wirft, ist dieser Befehl die Loesung.
+
+### module:migrate
+
+Wendet ausstehende SQL-Migrationen aus aktiven Modulen an.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:migrate
+```
+
+### module:permissions-sync
+
+Synchronisiert Modul-Permissions in die DB. Deaktiviert verwaiste System-Permissions (`is_system=1`), die kein aktives Modul mehr beansprucht.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:permissions-sync
+```
+
+### module:build
+
+Baut die Runtime-Seitenstruktur (`storage/runtime/pages/`) mit Symlinks zu Modul-Pages.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:build
+```
+
+### module:assets-sync
+
+Publiziert Modul-Assets nach `web/modules/<id>/`.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:assets-sync
+```
+
+### module:deactivate
+
+Fuehrt den optionalen Deactivation-Handler eines Moduls aus.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console module:deactivate <module-id> --confirm
+docker compose exec php php bin/console module:deactivate <module-id> --dry-run
+```
+
+Das Modul muss nicht in der Aktivliste stehen. `--dry-run` validiert den Handler ohne Ausfuehrung.
+
+### scheduler:run
+
+Fuehrt faellige Scheduler-Jobs aus.
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console scheduler:run
+```
+
+Der Docker-Scheduler-Service ruft dieses Kommando automatisch alle 60 Sekunden auf.
+
+### doctor
+
+Fuehrt System-Gesundheitschecks aus (ENV, DB, RBAC, Scheduler-Heartbeat).
+
+```bash
+docker compose exec php php bin/console doctor
+```
+
+Siehe `/docs/howto-betriebscheck-doctor.md` fuer Details.
+
+## Neue Kommandos anlegen
+
+1. Klasse in `lib/Console/Commands/` erstellen, die `MintyPHP\Console\Command` erweitert.
+2. `name()`, `description()` und `execute()` implementieren.
+3. Optional: `usage()` fuer `--help`-Ausgabe ueberschreiben.
+
+Das Kommando wird automatisch erkannt — kein manuelles Registrieren noetig.
+
+Beispiel:
+
+```php
+namespace MintyPHP\Console\Commands\Make;
+
+use MintyPHP\Console\Command;
+
+final class ModuleCommand extends Command
+{
+    public function name(): string { return 'make:module'; }
+    public function description(): string { return 'Scaffold a new module'; }
+
+    public function execute(array $args, array $options): int
+    {
+        // ...
+        return 0;
+    }
+}
+```
+
+## Bootstrap-Helfer
+
+Die `Command`-Basisklasse stellt Helfer bereit:
+
+| Methode | Zweck |
+|---|---|
+| `$this->bootstrapApp($channel)` | App-Bootstrap fuer Nicht-Modul-Kommandos |
+| `$this->bootstrapModuleApp()` | App-Bootstrap mit Modul-Error-Policy und Locking |
+| `$this->requireBinScript('name.php')` | Laedt ein `bin/`-Script ohne fragile relative Pfade |
+| `$this->projectRoot()` | Gibt den absoluten Projekt-Root-Pfad zurueck |
+
+## Legacy-Scripts
+
+Die alten `bin/*.php`-Scripts funktionieren weiterhin, geben aber einen Hinweis auf `bin/console` aus:
+
+```
+Hint: prefer `php bin/console module:sync` instead.
+```

docs/reference-entwickler-checkliste.md

@@ -71,12 +71,12 @@ Kurze Definition of Done vor Merge.
 - [ ] `docker compose exec php vendor/bin/phpunit` zweimal hintereinander in identischer Umgebung (beide Runs gruen)
 - [ ] `docker compose exec php vendor/bin/phpstan analyse -c phpstan.neon --no-progress`
 - [ ] `docker compose exec php vendor/bin/phpunit tests/Architecture/CoreStarterkitContractTest.php`
-- [ ] bei Modul-/Manifest-/Routen-Aenderungen: `APP_ENABLED_MODULES='' php bin/module-runtime-sync.php`
-- [ ] bei Modul-/Manifest-/Routen-Aenderungen: `APP_ENABLED_MODULES='addressbook,bookmarks' php bin/module-runtime-sync.php`
+- [ ] bei Modul-/Manifest-/Routen-Aenderungen: `APP_ENABLED_MODULES='' php bin/console module:sync`
+- [ ] bei Modul-/Manifest-/Routen-Aenderungen: `APP_ENABLED_MODULES='addressbook,bookmarks' php bin/console module:sync`
 - [ ] Runtime-Sync erzeugt Step-Summary (`migrate`, `permissions-sync`, `build`, `assets-sync`) und `vendor_warnings_ignored=<n>`
 - [ ] Keine First-party CLI-Warnings/Notices/Deprecations im Runtime-Sync (Vendor-Warnings sind nur temporaer toleriert und muessen gezaehlt sichtbar sein)
 - [ ] bei Docs-/Skills-Aenderungen: `docker compose exec php vendor/bin/phpunit tests/Architecture/CodexSkillsContractTest.php`
-- [ ] bei Docs-/Skills-Aenderungen: `bin/docs-link-check.sh` (scannt standardmaessig ohne `agent-system/runs/**`)
+- [ ] bei Docs-/Skills-Aenderungen: `bin/docs-link-check.sh` (scannt standardmaessig ohne `.agents/runs/**`)
 - [ ] bei Docs-/Skills-Aenderungen: `bin/codex-skills-sync.sh --check`
 - [ ] bei JS-Änderungen: Browser-Smoke mit DevTools-Console (keine JS-Errors)
 - [ ] bei API-Änderungen: `docs/openapi.yaml` aktualisiert

web/index.php

@@ -32,7 +32,7 @@ setAppContainer($container);
 // ── 2. Module runtime validation ────────────────────────────────────
 // Fail-fast if the runtime page root is stale (modules changed without
 // running module-runtime-sync). No auto-build in the request path —
-// that is the responsibility of bin/module-runtime-sync.php.
+// that is the responsibility of `php bin/console module:sync`.
 
 $moduleRegistry = app(ModuleRegistry::class);
 $runtimePageRoot = __DIR__ . '/../storage/runtime/pages';
@@ -44,7 +44,7 @@ if (count($activeModules) > 0 || is_dir($runtimePageRoot) || is_link($runtimePag
     if ($expectedFingerprint !== $actualFingerprint) {
         throw new RuntimeException(
             "Module runtime is stale (expected: '{$expectedFingerprint}', actual: '{$actualFingerprint}'). "
-            . 'Run: php bin/module-runtime-sync.php'
+            . 'Run: php bin/console module:sync'
         );
     }
     if (is_dir($runtimePageRoot) || is_link($runtimePageRoot)) {